서력 2040년의 혹성 에덴.

전천후 변형 전투기인 발키리 중 넘버 VF-10이 보편화 된 지금 에덴의 공군기지에서는 새로운 전투기를 개발하여 테스트를 준비하고 있었다.
'우주의 문제아'라고 까지 불리는 주인공 이사무는 에덴에 테스트 파일럿으로 발령을 받게된다.
이사무는 최첨단 기종인 YF -21를 몰게 된다는 흥분에 기뻐하지만 그리 달갑지 않은 사실을 알게 된다.
한 때 친구였지만 지금은 원수지간이 된 가르도가 라이벌이자 또 다른 테스트 기종인 YF-21의 파일럿으로 발령받은 것이다. 게다가 이사무는 과거 연인 사이였던 뮨과 재회하는 일도 겪는다. 뮨은 좋아하던 노래를 접고, 대신 인기 최고의 버츄얼 아이돌 가수이자 마크로스 콘체른이 개발한 최첨단 인공지능 시스템 샤론 애플의 프로듀서로 활약중이었다.

다시 만난 3사람 사이의 감정은 불편하기만 한데...